El mismo día de la desaparición, eliminaron el contenido del teléfono del excapitán de la Armada. Buscan determinar quién fue la persona que borró los mensajes.
A 43 días de la desaparición de Loan Danilo Peña, descubrieron que eliminaron mensajes del celular del ex capitán de la Armada y marido de la exfuncionaria María Pérez Caillava, Carlos Pérez, cuando él ya estaba detenido. Buscan identificar quién fue la persona que los borró y desde dónde.
El contenido de los mensajes borrados se había enviado entre el 13 de junio, día en el que desapareció el menor, y el 14, cuando ocurrió el hallazgo del botín.
Otra de las incógnitas tiene que ver con quién fue la persona que los eliminó porque se borraron cuando Pérez estaba detenido y todos sospechan de Walter Maciel, el jefe de la Policía. Sin embargo, esto sucedió cuando él también estaba detenido. Lo que puede dar como resultado un nuevo implicado.